Bölüm, Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi’nde “Bitki Sağlığı Bölümü” adı altında 1956 yılında kurulmuş, 1956-1957 öğretim yılında eğitime başlamış ve ilk mezunlarını 1961 yılında vermiştir. 1983 yılında, “Entomoloji” ve “Fitopatoloji” olmak üzere 2 Anabilim Dalından oluşan “Bitki Koruma Bölümü” adını almıştır.

Entomoloji Anabilim Dalı’nda, tarımsal ürünlerde zarar yapan böcek, akar ve nematodların teşhisi, taksonomisi ve biyolojisi üzerinde araştırmalar yapılmakta ve bu zararlılara karşı en uygun mücadele yöntemlerinin geliştirilmesi çalışmaları yürütülmektedir. 

Fitopatoloji Anabilim Dalı’nda, bitkilerde çeşitli hastalıklara neden olan biyotik (fungus, bakteri, virüs ve yabancı otlar) ve abiyotik faktörler ile bu hastalıkların mücadelesinde iyi tarım uygulamaları kapsamındaki bitki koruma stratejileri geliştirilmektedir. Ayrıca, alternatif yöntemler ve yeni yaklaşımlar üzerinde durulmaktadır.   

Bitki Koruma Bölümünde lisans ve lisansüstü düzeyde eğitim-öğretim faaliyetleri yürütülmektedir.

Bölümün temel amaçları, dünyanın, ülkemizin ve özellikle Ege Bölgesi’nin mevcut bitki koruma sorunlarının belirlenmesi ve çözümüne yönelik katkılar sağlamaktır. Bunun için, bölümde aşağıdaki genel faaliyetler yürütülmektedir:

 -Eğitim-Öğretim;

 -AR-GE;

-Hizmetler;

İlgili konular hakkında bilimsel raporlar sunmaktır.